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Au Moyen-âge, Saint-Étienne-du-Bois était une seigneurie relevant des seigneurs de Coligny, passé aux mains du seigneur de la Tour-du-Pin et au duc de Bourgogne. En 1289 ces terres furent rétrocédées à Amédée V, comte de Savoie, et acquises en 1414 par Jean de la Baume, qui les intégra au comté de Montrevel.
L’église de Saint-Étienne-du-Bois faisait partie des anciennes dotations du chapitre métropolitain de Lyon. En 1630, les chanoines de Lyon firent réédifier le clocher de l’église. En 1841 l’église fût entièrement reconstruite. Lors des travaux, les ouvriers retrouvèrent une hache en pierre.
La commune, comme beaucoup de communes rurales de la Bresse, a perdu bon nombre de ses habitants durant la deuxième moitié du XXème siècle. Ce n’est que depuis les années 1990 que la population s’accroit de nouveau. Aujourd’hui la commune à récupéré les pourcentages de population qu’elle avait à la moitié du XIXème siècle. L’école, jadis fermée par manque d’élèves, fonctionne aujourd’hui avec un RPI. La bibliothèque municipale est un pôle culturel dynamique qui occupe une grande salle à l’étage du bâtiment de la mairie, une ancienne ferme restaurée.
Durant l’Ancien Régime, Oncieu était une communauté appartenant à la juridiction de Belley et au mandement de Saint-Rambert. Son église paroissiale était une annexe de la paroisse d’Evoges, dans le diocèse de Belley. Les terres d’Oncieu furent érigées en marquisat après avoir été intégrées dans la seigneurie des abbés de Saint-Rambert.