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Au cours des siècles passés, les habitants du « bas » de Saint-Bénigne eurent peu d’activités communes avec ceux du « haut » du village. Ils étaient davantage attirés par Pont-de-Vaux, le centre commercial et administratif, ou par le Mâconnais d’où venait la pierre indispensable pour la construction des bâtiments et qui achetait le foin de la prairie. Sans doute ces relations avec la rive droite de la Saône avaient-elles été favorisées dès le Moyen-Age par les possessions, sur la rive gauche, de l’abbaye de Tournus et de certaines communautés telles que Montbellet et Saint-Oyen. La Révolution y mit fin, sans que changent d’autres traditions ancrées depuis des siècles de Ternant à Chamerande : la vaine pâture en prairie, la préférence du moulin de Pont-de-Vaux à celui de Montrin, parfois le choix de l’église de Pont-de-Vaux, moins éloignée que celle de la paroisse. Pendant des siècles, Saint-Bénigne garda donc deux bourgs, animés par les artisans et les commerçants.
Il faut attendre le milieu du 19ème siècle pour que se manifeste la volonté d’unification de la commune avec la création d’un groupe scolaire entre ces deux bourgs. Il faut un siècle de plus pour que disparaissent, par exemple, les deux sections de vote le jour des élections ou les assurances différentes pour le bétail du « haut » et celui du « bas » de Saint-Bénigne.
Au cours de la dernière guerre, Saint-Bénigne, fut un haut-lieu de la Résistance. Certaines fermes étaient des points d’accueil pour les combattants. L’abbé Victor Langard fut l’un des héros. Une plaque apposée sur le mur du presbytère en 2006 rappelle son activité clandestine.
Grâce à Françoise de La Baume, dame de compagnie de Catherine de Médicis, le comté de Saint-Martin-le-Chastel est élevé au rang de marquisat le 10 août 1584.
Le marquisat de Saint-Martin était considérablement grand et important avant la Révolution française. Il appartenait à la très célèbre et puissante famille de La Baume de Montrevel. Lorsque les enfants de Claude-François de La Baume-Montrevel se marièrent ils fondèrent chacun une nouvelle branche de la maison de La Baume-Montrevel. L'ainé, Ferdinand (1603-1678), reçut le marquisat de Montrevel et son frère Charles-François (né en 1611) le marquisat de Saint-Martin-le-Châtel. Comme les deux frères portaient le même nom, on surnomma le cadet « de La Baume Saint-Martin » ou également « marquis de Saint-Martin ». Le marquisat resta dans cette branche de la famille jusqu'à la Révolution. En 1754, c'est la marquise de Ligniville, née Jeanne-Marguerite de La Baume-Montrevel (1728-1808), qui le reçut en héritage de son frère qui venait de mourir sans alliance.
En 1976, d’une part les municipalités et enseignants de Le Plantay et de Versailleux et d’autre part, les communes de Châtenay et de Saint-Nizier-le-Désert font part aux parents d’élèves de la nécessité de créer deux regroupements pédagogiques. Excepté les parents de Versailleux qui émettent un avis négatif, les trois autres communes sont partagées. Un second projet sur la création d’un seul regroupement voit le jour en 1977, sans nouvelle consultation des parents d’élèves. Ces derniers décident alors de se constituer en association de défense en février 1978 pour défendre leurs intérêts. Toutefois, les élus locaux poursuivent la mise en place de ce regroupement.
Créé par la loi du 26 janvier 1984, le centre de gestion de la fonction publique territoriale de l'Ain s'est substitué en 1986 au syndicat de communes pour le personnel communal. La loi du 26 janvier 1984 prévoyait la création d’un centre national de gestion chargé des agents de catégorie A, de centres régionaux de gestion chargés des agents de catégorie B et de centres départementaux de gestion chargés des agents de catégories C et D. Toutefois, cette organisation n’a jamais fonctionné, du fait de sa complexité. Les centres régionaux de gestion sont supprimés dès 1985. En 1987, le centre national de gestion est dissous et ses compétences transférées au CNFPT (Centre national de la fonction publique territoriale). Ce dernier est chargé de la formation de tous les agents, ainsi que de la gestion et de l’organisation des concours des agents de catégories A et B. Les centres départementaux de gestion, quant à eux, sont chargés de la gestion et des concours des agents de catégorie C. Les missions des centres de gestion ont été renforcées au gré des différentes réformes statutaires. La loi du 27 décembre 1994 dite loi Hoeffel, transfère une partie de la gestion et de l’organisation des concours des agents de catégorie B aux centres de gestion. La loi Hortefeux du 19 février 2007 a pour ambition de poursuivre la clarification de la répartition des missions entre le CNFPT et les centres de gestion, en confiant au premier la formation et aux seconds la gestion et l’organisation des concours de tous les cadres d’emploi à l’exception des agents de catégorie A+. Cette réforme de 2007 a également confié à certains centres de gestion une fonction de centre coordonnateur pour le compte de plusieurs centres départementaux. La loi du 12 mars 2012 prévoit le transfert des secrétariats des comités médicaux et commissions de réforme des agents des collectivités territoriales affiliés de la direction départementale chargée de la cohésion sociale vers les centres de gestion.
