1. Composition La commune est administrée par un conseil municipal dont les membres sont élus au suffrage universel direct pour six ans. Le maire préside le conseil municipal, dont il organise les travaux et exécute les délibérations. Il est secondé par un ou plusieurs adjoints également élus en son sein par le conseil municipal.
2. Fonctionnement L’administration communale est organisée autour d’un secrétariat unique.
Liste des maires : Pilliet (cité en 1811 - 1815). Antoine Vélon fils (cité en octobre 1816 - 1822). Culaz (cité en 1823 - mai 1831). Étienne Bernard, propriétaire cultivateur (cité en mai 1831 - juin 1837). Pierre Joseph Vélon dit Lyonnoit (juin 1837 - janvier 1865). Claude Joseph Vialet, propriétaire cultivateur (janvier 1865 - mai 1871). Prosper Giroud, cultivateur (mai 1871 - octobre 1875 ; démissionnaire). Auguste Claudius Maîtrepierre, ancien conseiller municipal (octobre 1875 - 1876). Félix Victor Pernet (1876 - 1881) Pierre Marie Ferrier, cultivateur (janvier 1881 - octobre 1883 ; démissionnaire) Félix Pernet (novembre 1883 - 1889) Claude Marie Cabut (novembre 1889 - 1904) Auguste Maîtrepierre, rentier (mai 1904 - 1909 ; décédé) Eugène Culas (1909 - 19..). Claudius Maîtrepierre, rentier (mai 1925 - 1935). Henri Maîtrepierre, conseiller général (mai 1935 - 1959). Aimé Rongeat, boulanger (1959 - 1977). Jean Pépin, directeur adjoint du CES (mars 1977 - mars 2001 ; maire honoraire depuis 2001). Valérie Guyon (depuis mars 2001).
Au départ, la commune semble se trouver sous le vocable de Saint Nizier puis de Saint Antoine. On peut supposer qu’elle était sous la protection de l’un ou de l’autre de ces deux saints.
En 1601 et par le traité de Lyon, Saint-Nizier, qui faisait partie de le « Bresse savoyarde », est rattaché au royaume de France. Au cours du XVIIème siècle, la commune prend le nom de Saint Nizier le Bouchoux,. « Bouchoux » viendrait de « boscus » bois, pays de bois soit « Saint Nizier les Boscus ». Sous la Révolution française, la commune devient « Nizier La Liberté » puis reprend son nom actuel.
En 1795, les habitants de Saint-Nizier offrent l’asile au prêtre réfractaire Pierre Reboul, sous le nom d’emprunt de Villeneuve. Après avoir exercé clandestinement le culte pendant quelques années et être arrêté, il reprit l’exercice normal du culte en 1801 à Saint-Nizier-le-Bouchoux, où il resta jusqu’à sa mort en 1837 et où il fut enterré. C’est probablement en remerciement de l’accueil qui lui a été fait qu’il voulut léguer ses biens à la fabrique d’église ; ce que le préfet refusa.