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Tout au long de son histoire, la commune se développe grâce au pont qui traverse l’Ain et à son château. Construit primitivement par les sieurs de Coligny, le château appartenait à partir du XIIIème siècle aux comtes de Savoie. C’est à cette période qu’Amédée V concéda une charte de franchises à la commune (21 avril 1319). Un atelier de frappe de monnaie est crée après l’octroi de la charte. Pont-d’Ain se développe grâce à ces privilèges et au commerce des grains qui se faisait par le pont situé au pied du château.
Sur le plan cadastral de 1808 (1G1), on constate que les habitations de la commune étaient davantage implantées autour de l’église et du château, sur la route d’Oussiat. Seulement quelques maisons étaient édifiées près du carrefour des Quatre-Vents. Pendant la Seconde Guerre Mondiale, ce même carrefour -bien plus étoffé d’édifications- fut bombardé le 31 août et 1er septembre 1944, causant l’incendie de plusieurs maisons et beaucoup de dégâts. Les travaux de reconstruction d’après guerre se prolongent sur plusieurs années (4H5).
« L’histoire du Montellier demeure liée à celle du château qui exerçait la justice sur le village et les environs. Du XIIème au XVIIIème siècle, la châtellenie du Montellier était l’une des plus étendue de la Dombes. De l’ancien village bâti autour du château il subsiste les fermes et l’imposant édifice construit en carrons sur une poype, cette élévation de terre typique en Dombes.
La commune a été, et est toujours, le lieu de résidence de personnalités célèbres. Citons Jacqueline de Montbel (1541-1599), Gabriel Greppo (propriétaire foncier et agronome), son fils grand vicaire, Marius Berliet (1866-1949) et son fils Paul, ou encore Paul Bocuse.
Au Xe siècle, le village de Thoissey dépendait de l’abbaye de Cluny. Trois siècles plus tard, Humbert V de Beaujeu en était le seul seigneur. En 1310, son successeur Guichard VI accorda une charte de franchise aux habitants. Celle-ci fut confirmée jusqu’en 1658 par la Grande-Mademoiselle, princesse des Dombes.
Un collège fut fondé en 1680 par Philibert Girié, prêtre et docteur en théologie, et plusieurs autres prêtres. Le collège était composé d’anciens bâtiments scolaires donnés par Étienne Pole, bourgeois de Thoissey. En 1684, l’archevêque de Lyon Camille de Neuville permit au collège de disposer d’une chapelle particulière. Une imprimerie composait aussi le paysage thoisseyien à partir de 1696. En 1701, un hôpital fut construit. Suspendu à la Révolution française, l’enseignement ne fut réorganisé qu’en 1824.
Avant la Révolution française, Thoissey disposait de trois chapelles. La première, située dans l’ancienne prison, était placée sous le vocable de sainte Croix. La seconde était celle des Pénitents et la dernière, celle des Ursulines. En 1710, quarante Ursulines résidaient dans un monastère fondé en 1704 à Thoissey.
