L'ordre des Capucins établi un couvent à Seyssel en 1628, sur la rive droite du Rhône. Les Capucins développeront une activité importante dans la commune et entreprendront des travaux de contention des rives du Rhône comme la construction d'une digue pour protéger les vergers environnants. Des travaux de fortification seront réalisés dans le couvent à la fin du XVIIème siècle. Par attribution de l'abbé de Saint-Just, vicaire général, les frères capucins de Belley, Seyssel et Gex exercent la confession, la prière, le catéchisme et ont le droit de faire la mission dans les paroisses du diocèses de Lyon.