Les registres paroissiaux permettent de retracer une partie de l’histoire de Saint Nizier le Désert, puisqu’ils remontent à 1663. Il faut noter la présence des registres de délibérations depuis 1817 et quelques dossiers de travaux, comme la construction de l’école dans les années 1860.

Parmi les archives contemporaines, outre les classiques archives communales, se trouvait le fonds du SIVOS (syndicat intercommunal à vocation scolaire) du Plantay, Chatenay et Saint Nizier le Désert. Créé en 1978, il souligne la volonté des élus locaux à conserver les écoles primaires dans les villages. Ce fonds à été transféré à la commune du Plantay durant le dernier mandat.

La consultation des archives nous permet de suivre les étapes de la construction de l'école de Saint-Vulbas et de celle du hameau de Marcilleux. Sont répertoriés l'arrêté de classement de la chapelle romane de Marcilleux, le mobilier religieux et reliquaire de l'église.
Des dossiers plus récents nous informent tout autant sur le passé de la commune. Ainsi, les réquisitions de terrain pour l'école d'aviation militaire, de 1918 à 1950, révèlent l'intérêt pour la plaine de l'Ain. Cette région se transforme dès les années 1970 avec la création de la Zone d'Aménagement Concerté qui est devenue aujourd'hui la Parc Industriel de la Plaine de l'Ain.

Les registres de délibération du Conseil municipal, qui datent de la Révolution, retracent les aléas de la commune à travers les régimes et les constitutions. De même, les registres d'état-civil, les plus anciens documents conservés en mairie, permettent d'élaborer des généalogies ascendantes jusqu'au XVIIème siècle.

Des lacunes se remarquent quant aux procès-verbaux d'élections du XIXème siècle, les guerres mondiales ou encore la construction du presbytère et de la chapelle.

Fonds ancien
Seuls les registres paroissiaux ont été conservés.

Fonds moderne
Le fonds moderne est dans l’ensemble très lacunaire.
En série D, les registres des délibérations du conseil municipal sont présents qu’à partir de 1862.
La collection des registres d’état civil, en série E, existe dès 1792.
La série F nous renseigne sur la population et l’agriculture. Les listes de recensement de la population, dès 1881, dévoilent aux généalogistes des renseignements notamment sur la composition d’une famille (F1). Quelques documents concernant l’agriculture ont été conservés.
En série G, l’ensemble des matrices cadastrales ont été conservées.
La série H comporte de nombreuses lacunes notamment en ce qui concerne les tableaux de recensement des classes et celles de chevaux, mulets et voitures sont inexistant les documents liés aux mesures d’exception liées aux deux guerres mondiales sont peu présents.
La série I nous renseigne sur la police, les moeurs et l’hygiène dans la commune mais elle reste très lacunaire dans son ensemble.
En série K, les documents relatifs aux élections sont extrêmes lacunaire.
Conservés en série L, les budgets et comptes sont conservés depuis 1811.
En séries M, N et O, il subsiste très peu de documents mis à part sur les édifices du culte, le cimetière et les écoles.
La série P nous renseigne sur l’exercice du culte catholique dans la fabrique d’église. Quelques documents traitent de la fabrique de manière générale, la série est peu volumineuse.
En série Q, les documents se rapportant au bureau de bienfaisance sont absents, quelques documents sur la protection des enfants du premier âge sont présents. L’ensemble de la série est lacunaire.
Les archives concernant l’instruction publique, conservées en série R, sont également peu nombreuses.

Fonds contemporain
Les archives contemporaines concernent notamment les documents d’urbanisme et les travaux. Des lacunes sont à noter dans les procès-verbaux d’élections.

• Fonds moderne
Sergy possède un fonds d’archives relativement récent qui résulte de la production quotidienne de l’administration municipale depuis la période post-révolutionnaire. A l’exception des délibérations du Conseil municipal, dont le premier volume date de 1793, et de quelques pièces éparses remontant au XVIIIe siècle, l’ensemble des documents couvre la période allant du XIXe jusqu’à nos jours. Les pièces les plus anciennes sont conservées parmi les archives du château de Sergy, versées aux Archives départementales de l’Ain. D’autres pièces antérieures à 1789 sont également conservées aux Archives de l’État de Genève et aux Archives départementales de la Côte-d’Or. Toutefois, la bonne conservation des registres de délibérations, des registres d’état-civil et des matrices cadastrales peuvent constituer des sources incontournables pour l’histoire de la commune.
Par ailleurs, l’historien local trouvera également quelques documents susceptibles de constituer la base de recherches historiques sur la période contemporaine. Outre la Série D qui transcrit intégralement l’activité de la commune, la série L permet de reconstituer l’évolution de Sergy par sa comptabilité, avec notamment les budgets (conservés depuis 1910) et deux livres de comptes, dont le plus ancien, très précis, couvre la période 1871-1926 (série S). Les séries M et O puis T contribuent également à comprendre le développement de la commune par l’entretien ou la création d’édifices communaux et l’extension de ses zones d’habitation.
L’évolution démographique de Sergy est également visible à travers l’exploitation des archives de la série E (registres d’état-civil) et de la série F qui renferme les états de recensement de la population depuis 1901. Enfin, malgré les lacunes, de nombreux documents témoignent de l’importance de l’activité agricole : bulletin de déclaration agricole, plan et description sommaire des bâtiments agricoles, registre de déclaration de têtes de bétail, sans oublier les matrices cadastrales dont la plus ancienne remonte à 1819.

• Fonds contemporain
Les archives contemporaines sont complètes hormis les procès-verbaux d’élections qui semblent lacunaires. Les documents conservés concerne notamment les documents d’urbanisme et les travaux.

• Fonds ancien
Le fonds ancien de la commune représente 3 ml d’archives. Malgré le mauvais état de conservation de certaines pièces, l’ensemble est assez complet et très riche d’informations sur l’histoire de la commune. On y trouve, hormis les chartes des franchisses et privilèges de la ville, une charte de convoitise avec la ville de Rumilly, un parchemin avec les doléances des habitants présenté au duc de Savoie, les mercuriales, les registres paroissiaux, quelques documents en rapport avec le pont sur le Rhône, à la chapelle sur le Pont et bien d’autres documents d’intérêt dont les délibérations (registres des syndics de la ville) et les documents comptables de l’administration communale ou encore les registres de police. Il est curieux de trouver, dans les archives, le règlement du jeu du papegai, jeu médiéval consistant à tirer à l’arc sur un oiseau, souvent en bois, placé à une certaine hauteur (B11). Enfin, un petit nombre de papiers dépareillés, morcelés ou illisibles (6 pièces) n’a pas pu être traité.
Cet ensemble constitue une véritable source d’information pour les chercheurs s’intéressant à l’histoire du territoire de Seyssel et de ses environs et fait parti du patrimoine écrit de la commune.

• Fonds moderne
Les archives modernes représentent 25,5 ml d’archives. Elles sont également très riches et présentent peu de lacunes. Les délibérations débutent à la Révolution et contiennent également des registres de Seyssel Mont-Blanc, aujourd’hui Seyssel Haute-Savoie, pendant la période immédiatement antérieure à l’unification des deux villes. On y trouve également des archives d’immigrés saisies pendant la période révolutionnaire. Notamment, les archives de la famille De Maillans et de la famille De la Porte, seigneurs successifs de la seigneurie d’Anglefort. Les documents privés d’Ancien Régime de ces deux familles ont été classés dans la série « ii » et ceux postérieurs à la Révolution, en série « I ». Le cadastre napoléonien, les registres de délibérations des agents municipaux sous la Révolution, le recensement de population et le recensement militaire ou encore les registres d’état civil sont autant de documents qu’on peut trouver dans le fonds moderne.

• Fonds contemporain
Le fonds contemporain, postérieur à 1982, représente 31,9 ml d’archives. Quelques lacunes ont été identifiées. Ainsi, par exemple, on regrette l’absence des archives portant sur la construction de la nouvelle mairie. Néanmoins, la plupart des séries sont complètes. Le classement des archives a donné lieu à l’élimination de 43,46 ml d’archives modernes et contemporaines, ce qui représente environ 45% de la masse documentaire totale.